Wie bei jeder anderen Rasse der Welt, die durch menschliches Zutun entstanden ist, ist auch der Border Collie nicht frei von vererbbaren Gendefekten.
Oberste Priorität von jeder Zucht sollte es demnach sein, Erbrankheiten einzudämmen und gänzlich aus dem Erbgut der Rasse zu verbannen.
Durch Genanalyse wird es zusehends leichter, eine "krankhafte" Verpaarung zu verhindern und so dem Ziel von erblich gesunden Border Collies erheblich näher zu kommen. Die meisten genetischen Erkrankungen werden rezessiv vererbt, das heißt dass die Krankheit nur dann ausbrechen kann, wenn beide Eltern das verantwortliche Gen an den Nachwuchs weitergeben, sodass es Hunde gibt ohne ein solches Gen und somit von ihnen keine kranken Welpen entstehen können, mit einem Gen und somit keine Krankheitssymptome entwickeln können und mit zwei Gene und somit die Krankheit haben und immer ein verantwortliches Gen an den Nachwuchs abgibt.

Hüftgelenksdysplasie (HD)
ist eine krankhafte Veränderung der Gelenkpfanne, sodass der Gelenkkopf nicht mehr stabil darin gebettet wird. Da HD sowohl genetisch, wie auch durch Umwelteinfluß entstehen kann, ist nebst eine sorgsame Verpaarung ebenfalls eine Gelenkschonende Aufzucht wichtig. Es wird zwischen verschiedene Abstufungen von HD unterschieden. Eine Hüfte ohne Veränderungen bezeichnet man mit HD-A (frei); eine Hüfte mit geringen, körperlich dem Hund bei normaler Belastung nicht beeinträchtigende Veränderungen bezeichnet man mit HD-C (leicht). Die Zwischenstufe hierzu bezeichnet man mit HD-B (Übergangsform). Mittlere (HD-D) und Schwere (HD-E) sind die Formen, die einen Hund insoweit beeinträchtigen, dass ein beschwerdefreies Leben ausgeschlossen werden kann. Die Zucht von Hunden mit HD-C, HD-D und HD-E , oder zwei HD-B Partnern sollte im Interesse der Rasse nicht erfolgen.

Weitere Skeletterkrankungen sind u.a. die Ellenbogendysplasie (ED), Osteochondrosis dissecans (OCD) und Wirbelveränderungen, die bei einem Border Collie jedoch äusserst selten auftreten, so dass von Entstehung durch Umwelteinflüsse ausgegangen werden kann. Dennoch sollte eine Zucht mit befallenen Hunden unbedingt vermieden werden, sicher ist sicher.

Collie Eye Anomoly (CEA/CH)
ist eine rezzesiv vererbte Augenkrankkeit, bei dem es zu Blutungen im Netzhaut und/oder deren Ablösung kommt. Diese Krankheit verschlimmert sich nicht, ein Welpe, der die Symptome nicht aufweist, wird auch später nie Probleme damit bekommen. Da die leichte Form dieser Krankheit nur bei Welpen unter 9 Wochen feststellbar ist, ist es unabdingbar, dass sie vor dem Erreichen dieses Alters auf CEA untersucht werden! Diese Krankheit kann man mittlerweile genetisch nachweisen, befallene Hunde nennt man "affected", Hunde die das Gen tragen nennt man "carrier", freie Hunde werden "clear" genannt. Solange mindestens ein Elternteil "clear" ist, kann der Nachwuchs nicht an CEA erkranken.

Glaukome (Grüner Star)
Hierbei führt ein erhöhter Augeninnendruck zum Absterben von Sehnerven. Eine einmalige Gonioskopie klärt, ob ein Hund an Grüner Star leidet oder nicht. Der Erbvorgang ist noch nicht klar, daher sind Hunde aus Linien, bei denen Glaukome bereits vorkamen, besonders zu beobachten.

Weitere Augenkrankheiten wie Progressive Retina Atrophy (PRA), bei der in einem Alter von 3 - 5 Jahren die Netzhaut beginnt abzusterben, oder die Bildung von Katarakte entwickeln sich erst später, so dass es nahezu unmöglich ist, diese Erkrankungen völligst aus der Zucht zu bekommen. Nur eine regelmäßige Kontrolle durch einen Augenspezialisten gibt frühzeitig Aufschluß, ob ein Hund an eines dieser Erkrankungen leidet, was somit für die weitere Zucht ein wichtiges Hilfsmittel ist.

Trapped Neutrophil Syndrome (TNS)
wird ebenfalls rezzesiv vererbt. Das Knochenmark produziert weiße Blutkörperchen, ist jedoch nicht in der Lage, diese effektiv in den Blutkreislauf zu bringen. Welpen haben dadurch ein geschwächtes Immunsystem und sterben an Infektionen, die sie nicht bekämpfen können. Befallene Welpen werden meist nicht älter als 6 Monate. Die Diagnose der Krankheit ist schwierig, da die Symptome variiern je nachdem, welche Infektionen der Welpe bekommen hat. Diese Krankheit kann man mittlerweile genetisch nachweisen, befallene Hunde nennt man "affected", Hunde die das Gen tragen nennt man "carrier", freie Hunde werden "clear" genannt. Solange mindestens ein Elternteil"clear" ist, kann der Nachwuchs nicht an TNS erkranken.

Ceroid Lipofuscinosis (CL)
Körperzellen, hauptsächlich Nervenzellen werden bereits im Embryo geschädigt. Befallene Hunde werden nicht älter als 3 Jahre und sterben einen schmerzhaften Tod. Diese Krankheit kann nicht behandelt werden und verläuft immer tödlich, tritt beim Border Collie jedoch äußerst selten auf. Auch hierbei handelt es sich um eine rezessiv vererbbare Krankheit, bei dem ein Gentest möglich ist.

Multi-Drug-Resistance1 defect (MDR1)
Diese Erkrankung ist eine Unverträglichkeit gegenüber gewissen Arzneimitteln und tritt fast ausschließlich bei Collieartigen Hunderassen auf. Auch diese Krankheit wird rezessiv vererbt. Erbliche gesunde Hunde sind MDR(+/+), Träger sind (MDR(+/-) und Befallene sind MDR(-/-). Jeder Collieartigen Hund sollte auf dieses Gendefekt getestet werden, um Schäden durch falsche Medikation auszuschließen.

Epilepsie
ist als Krankheitssymptom leider immer häufiger beim Border Collie anzutreffen. Die Diagnose auf eine vererbbare Form ist sehr schwierig und die Vererblichkeit noch nicht ausreichend erforscht. Solange noch Unklarheit herrscht, ist der Verstand eines Züchters gefragt - selbstverständlich gehören betroffene Tiere nicht in die Zucht, ebenso sollte auf eine Zucht der Geschwister verzichtet werden. Eine Verpaarung der Elterntiere miteinander und mit Hunden ähnlicher Abstammung sollte ebenfalls nicht erfolgen, idealerweise wäre auch hier ein Verzicht auf den weiteren Zuchteinsatz unter Umständen ratsam. Bei weitläufigeren Verwandtschaftsverhälntissen, zB Tanten oder Enkel eines betroffenen Tieres, wird eine Empfehlung natürlich schwierig - es liegt im Ermessen des Züchters, das Risiko abzuschätzen.

Leider werden sowohl in Züchter- wie auch in Halterkreisen öfters Erkrankungen verschwiegen, oft auch durch mangelnde Kommunikation zwischen Halter und Züchter. Um der Rasse willen sollten alle Züchter die Ehrlichkeit besitzen, eventuelle Krankheiten in ihren Linien, von denen eine Vererblichkeit ausgegangen werden kann, öffentlich zu machen. Das bedeutet keinesfalls, dass derjenige ein schlechter Züchter ist, ganz im Gegenteil! Wer so handelt, und auch die Konsequenzen zieht durch die Einstellung der Zucht mit Hunden der betroffenen Linien, dem liegt die Rasse wirklich am Herzen!